为丰富学生课余生活，帮助学生个性创新发展，使学校的素质教育水平再上新高，秦淮中学积极开设校本课程。学校在开学初制定了关于校本课程相关的计划方案以及考核办法。学生根据自己的兴趣爱好自主报名选择喜欢的校本课程内容，并在开课前与相关培训教师沟通，让教师更好的了解学生的需求。学校也开放了各功能室、专业教室，并安排有专门的管理教师负责仪器配备及材料的补充，确保第二课堂活动的顺利进行，各个授课教师根据每次开课时的情况对学生进行打分、考勤，并在每次课后上交教务处，以确保课程结束时对学生进行评价。
      校本课程的开设，使学生的实践能力和创造能力大大提高，丰富了学校的办学内涵，提升了办学品位，深化了学校特色教育建设。